Музей был открыт 12 (24) февраля 1889 года. Основатели красноярского музея — Иннокентий Алексеевич Матвеев и его супруга Юлия Петровна Матвеева (дочь купца Петра Ивановича Кузнецова). Первоначально музей находился в усадьбе Крутовских, по современному адресу: улица Каратанова, дом 11. Позднее музей переехал на второй этаж Гостиных рядов на Старобазарной площади. Нынешнее здание музея выстроено в египтизирующем стиле направления историзм по проекту известного красноярского архитектора Леонида Александровича Чернышёва (1875—1932).